Während Alexander sich sorgt, weil Juan nicht nach Hause gekommen ist, wird Savonarola auf der Streckbank gefoltert. Trotz der ihm zugefügten Schmerzen gesteht der Vatikan-kritische Prediger nicht. Cesare, wild entschlossen, nicht nur dessen Vermächtnis, sondern auch den Leib zu vernichten, fälscht Savonarolas Geständnis, woraufhin der Prediger als verurteilter Ketzer verbrannt wird. Unterdessen taucht ein neuer Bewerber um Lucrezias Hand in Rom auf: Alfonso von Aragon. Lucrezia treibt ihre Späße mit ihm wie mit seinen Vorgängern, bis sie sich selbst dabei ertappt, ihm verfallen zu sein. Sie verkündet, Alfonso zu heiraten. Die Freude des Papstes ist nur von kurzer Dauer, als er ein schockierendes Geständnis von Cesare empfängt. Später, während der Feierlichkeiten zu Lucrezias Verlobung, versöhnen sich Alexander und Cesare bei einem Becher Wein. Cesare erkennt zu spät, welche Gefahr von Antonello ausgeht und der Papst führt den vergifteten Becher an die Lippen.