Alors que Callen a toujours des difficultés personnelles liées à son passé, l'équipe est informée que Deeks, l'agent de liaison avec la police, ne donne plus signe de vie. Il était en mission d'infiltration auprès de trafiquants, morts dans l'explosion de leur voiture quelques heures seulement avant sa disparition ? Peu après, sa partenaire est tuée dans les mêmes circonstances, juste après avoir informé le NCIS.