Il futuro di Folsom è appeso ad un filo mentre la squadra dei CSI, dopo averlo arrestato per l’omicidio di Kahn, l’uomo che ha ucciso sua madre Jeannette, mette in dubbio la sua innocenza impegnandosi comunque a scagionarlo e a individuare il vero assassino. Trey, coinvolto tanto quanto Folsom nell'intera faccenda, sparisce nel nulla. Rimossa dal caso la detective Chavez è determinata ad aiutare i tecnici del laboratorio, si reca in carcere per parlargli ma lui non sembra intenzionato a provare a difendersi. A offrire supporto e vicinanza a Josh è Allie, promossa da Max a supervisore del turno di giorno, la quale crede fermamente che non sia stato lui a uccidere Kahn. Chavez riesce a rintracciare Trey e gli chiede di aiutare Folsom, nel corso dei rispettivi interrogatori si proteggono a vicenda, rendendo la situazione più complicata.