Il team ritorna a indagare su un serial killer del passato nel tentativo di trovare "Il Burattinaio", un individuo che vive con i corpi delle sue vittime prima di gettarli via. Nel frattempo, la Brennan si fa strada fra i sensi di colpa per essersi ritirata l'anno prima, biasimandosi per non aver fermato prima quel serial killer. Tuttavia, non sa che potrebbe finire nei guai.