Malcolm e Reese scoprono che la casa in cui vive la famiglia è stato teatro di un massacro molti anni prima, questo terrorizza a morte il padre. Il giorno di successivo è Halloween ma Malcolm ha la febbre e deve stare a casa con Hal il quale ha paura che ci sia un fantasma in casa. Reese e Dewey vanno di casa in casa a fare "scherzetto o dolcetto" portandosi dietro Jamie, ma dopo una casa in cui lanciano uova contro un anziano non si accorgono di averlo scambiato con un altro bambino. Il quintogenito torna quindi a casa e si nasconde in una presa di aereazione mangiando i dolci e facendo rumori, Malcolm e il padre non sapendolo si spaventano pensando sia effettivamente un fantasma. Intanto Lois va a prendere quello che pensa sia Jamie dagli altri due figli e lo porta a lavoro dove però viene arrestata perché i poliziotti pensano abbia rapito quella che si rivela essere una bambina.