J.D. trasloca momentaneamente in hotel perché il suo nuovo appartamento ha il soffitto sfondato. Turk però non accetta che il suo miglior amico sia costretto a vivere in un albergo e lo invita a dormire a casa sua, ma all'insaputa di Carla. J.D. è ora diventato medico di ruolo come il dottor Cox e quindi deve istruire a sua volta degli specializzandi. Elliot cerca invece di ambientarsi nel nuovo ospedale dove ha ottenuto una borsa di studio e comincia a fare amicizia con infermiere e dottoresse. Turk nel frattempo cerca di convincere Carla a non avere un bambino perché crede che sia ancora troppo presto, ma Carla non gli dà ascolto. Elliot non conosce ancora bene il nuovo ospedale e non sa dove si trovano le cose, ma non volendo sfigurare ruba quello che le serve dal Sacro Cuore. Cox dà cinque carte "Man" ("Uomo") a J.D. e se ne riprende una ogni volta che quest'ultimo si comporta come una donna. J.D. perde presto tutti e cinque i foglietti, ma alla fine della giornata riesce a salvare un paziente infrangendo le regole e se ne prende la responsabilità, guadagnandosi la stima di Cox. Kelso invece è frustrato perché ha scoperto che J.D. si è alleato con Cox ed è arrabbiato con Elliot che, dopo essere stata formata come medico al Sacro Cuore, lo ha abbandonato.