Pinky en Brain zijn genetisch verbeterde laboratoriummuizen die in een kooi in de onderzoeksfaciliteit van Acme Labs verblijven. Brain is egocentrisch en intrigerend; Pinky is goedaardig maar zwakzinnig. In elke aflevering bedenkt Brain een nieuw plan om de wereld over te nemen, dat uiteindelijk op een mislukking uitloopt, meestal als gevolg van Pinky's idiotie, de onmogelijkheid van Brain's plan, Brain's eigen arrogantie of gewoon omstandigheden waar ze geen controle over hebben.