Dei trafficanti di droga vogliono impossessarsi di un congegno ancora in sperimentazione che permette ai sottomarini di non essere intercettati dai radar della Guardia Costiera, così da poter commerciare una grandissima quantità di stupefacenti. La Phoenix Foundation partecipa alla realizzazione del congegno e scoperto il piano dei trafficanti, MacGyver cercherà di catturarli.