公元2089年,距离第一次太空战争改变了人类和天顶星族的生活已经过去了80年。当一个名为“马尔杜克”的新外星种族出现在太阳系内时,两个种族在地球上都处于和平状态。在报道联合国Spacy和Marduk舰队之间的第一场战斗时,SNN新手记者Hibiki Kanzaki发现了Ishtar,一种通过唱歌增强Marduk战斗能力的“模拟器”。Hibiki将Ishtar带到地球上,向她传授生命和文化的价值观。Hibiki和Ishtar必须与瓦尔基里的王牌飞行员Silvie Gena一起,找到一种方法,将地球从马尔杜克领导人英格斯手中彻底摧毁。